Obdobie rokov 1995-2001
Útvary Vojenskej polície z dôvodu novelizácie Trestného poriadku a zabezpečenia procesnej samostatnosti prešli do priamej podriadenosti náčelníka správy Vojenskej polície. Zároveň bol vydaný rozkaz náčelníka Generálneho štábu č. 01/1995, ktorý riešil zásady súčinnosti Vojenskej polície a veliteľských orgánov. V rozkaze bola vymedzená teritoriálna pôsobnosť útvarov Vojenskej polície.
Dňom 1.februára 1995 vznikol nový útvar, Útvar zabezpečenia Vojenskej polície s pôsobnosťou v posádke Trenčín. Jeho úlohou bolo finančne a materiálne zabezpečovať útvary Vojenskej polície, vykonávať odborné úlohy v prospech Vojenskej polície v oblasti analytických a informačných služieb, technickej ochrany objektov a špeciálnych služieb.
Od roku 1995 sa zintenzívnila i spolupráca Vojenskej polície Armády Slovenskej republiky s ostatnými bezpečnostnými a ozbrojenými zbormi v Slovenskej republike. Výsledkom boli podpisy vzájomných dohôd.
Rovnako tak sa zintenzívnila medzinárodná spolupráca, z ktorej sa čerpali poznatky pre organizačnú a obsahovú výstavbu Vojenskej polície. Založili sa programy Mil-to-Mil. Dňa 26.10.1995 došlo k podpisu Protokolu medzi ministerstvami obrany Slovenskej a Českej republiky o spolupráci v činnosti Vojenských polícií Armády Slovenskej republiky a Armády Českej republiky, ktorú podpísali ministri obrany Ján SITEK a Vilém HOLÁŘ.
Dňa 2.mája 1998 vo Warszave bol podpísaný Protokol k dohode medzi Vojenskou políciou Armády Slovenskej republiky a Vojenskou políciou Armády Poľskej republiky. Za prítomnosti ministrov obrany protokol podpísali náčelníci Vojenských polícií plk. Doc. Ing. Libor GAŠPIERIK, CSc. a brigádny generál Alfons KUPIS.
Vojenská polícia sa stáva v rezorte ministerstva obrany koordinátorom vládnych uznesení č.482/1999- Stratégia prevencie kriminality, č. 483/1999 - Komplexný program boja so zločinnosťou, č. 493/1999 - Súbor preventívnych opatrení boja proti terorizmu na území Slovenskej republiky a Uznesenia vlády Slovenskej republiky č. 513/1999 - Harmonogram implementácie Predvstupového paktu o organizovanom zločine a koordinátorom zavádzania integrovaných bezpečnostných systémov pri ochrane objektov rezortu ministerstva obrany.
Vojenská polícia sa aktívne zapojila do prípravy a vykonania reformy rezortu ministerstva obrany. K 1. januáru 2000 vykonala čiastkovú reformu, ktorej obsahom bolo vypracovanie dlhodobého zámeru pri výstavbe Vojenskej polície. Čiastkové úpravy v organizačnej štruktúre sa dotkli riaditeľstva Vojenskej polície a útvaru zabezpečenia, ktorý sa súčasne premenoval na útvar technicko-odborných činností. Podstatná zmena bola plánovaná k 1. januáru 2002, ktorá sa dotkla všetkých útvarov Vojenskej polície.
Vojenská polícia po reorganizácii od 1. januára 2000 pôsobila ako samostatná zložka priamo podriadená náčelníkovi Generálneho štábu Armády Slovenskej republiky.
Organizačne sa členila na riaditeľstvo a útvary s vymedzenou teritoriálnou pôsobnosťou.
K 31. marcu 2000 bol zrušený Útvar zabezpečenia Vojenskej polície a od 1. apríla 2000 sa vytvoril Útvar technicko-odborných činností Vojenskej polície a Výcvikové stredisko Vojenskej polície.
Hlavnými funkcionármi boli: plk. Doc. Ing. Libor GAŠPIERIK CSc., plk. Ing. Alojz MARUŠA, plk. JUDr. Anton POLÁK, pplk. Ing. Vladimír MANCO, plk. Ing. Vladimír MARKO, pplk. Ing. Ján MATLÁK, plk. PhDr. Cyril KOSTÍK CSc., pplk. Ing. Štefan MORAVČÍK, pplk. Ing. Ján VRÁNSKY, pplk. Pavol PEŤOVSKÝ, pplk. Ing. Peter DUDRA, pplk. Ing. Rudolf ELIAŠ.
Významným impulzom v oblasti zahraničnej spolupráce bolo prijatie dokumentov - Program prípravy Slovenskej republiky na členstvo v NATO a Partnerské ciele na roky 2000 - 2006, na základe ktorých Vojenská polícia plnila úlohu - do konca roka 2001 vybudovať a pripraviť jednotku na mierové operácie. S cieľom získať poznatky potrebné na vybudovanie tejto jednotky, ktorá by spĺňala požiadavky na interoperabilitu, sa zintenzívnila spolupráca s Vojenskou políciou ozbrojených síl USA, ktorá má v tejto oblasti veľké skúsenosti.
Významný vplyv na činnosť a plnenie úloh mal dnes jeden z najničivejších teroristických útokov v histórii z 11. septembra 2001 v USA a s tým spojené zmeny v medzinárodnej bezpečnosti. Jasne ukázal, že Vojenská polícia musí byť kedykoľvek pripravená odhaľovať, predchádzať a zamedzovať všetkým prejavom terorizmu. Táto požiadavka súčasnosti sa odrazila aj v reforme k 1. októbru 2001. Zrušili sa útvary v Trenčíne, v Liptovskom Mikuláši a v Košiciach. Útvar technicko-odborných činností sa integroval do veliteľstva Vojenskej polície. Reformnými zmenami sa znížil počet riadiacich funkcií a posilnili sa výkonné útvary, čím sa zvýšil počet príslušníkov v práporčíckych hodnostiach. Zmenou teritoriálnej príslušnosti sa racionálnejšie a efektívnejšie využívajú jej materiálne a technické zdroje.
Hlavnými funkcionármi boli: plk. Doc. Ing. Libor GAŠPIERIK, CSc., plk. Ing. Alojz MARUŠA, plk. Ing. Vladimír MARKO, pplk. Ing. Vladimír MANCO, pplk. Ing. Štefan MORAVČÍK, pplk. Ing. Ľudovít VOJTEK, plk. PhDr. Cyril KOSTÍK, CSc., pplk. Ing. Ján MATLÁK.
V tomto roku sa spolupráca so zahraničnými partnermi orientovala na podporu plnenia Partnerských cieľov Armády Slovenskej republiky na roky 2001-2006, konkrétne na splnenie úlohy stanovenej pre Vojenskú políciu - do 31. decembra 2001 vybudovať jednotku Vojenskej polície pre mierové operácie (PC L 4212).
K aktivitám propagujúcim Vojenskú políciu patril brífing s vojenským diplomatickým zborom pri príležitosti 10. výročia vzniku Vojenskej polície a 5. ročník medzinárodnej súťaže v policajnej streľbe. Medzi špecifické aktivity s osobitným významom pre Vojenskú políciu boli tie, ktoré boli spojené s prípravou spoločnej Česko-Slovenskej jednotky KFOR a aktívna účasť na projekte CENCOOP. Zahraničné služobné cesty do USA vytvorili predpoklady na prehĺbenie spolupráce s FBI najmä po línii boja proti terorizmu. Príslušníci zaradení v mierových misiách UNFICYP Cyprus, UNDOF Golandské Výšiny a UMNEE v Eritrei zodpovedne plnili náročné úlohy policajnej ochrany vlastných medzinárodných jednotiek.
V rámci medzinárodných aktivít rezortu ministerstva obrany a prehlbovania spolupráce Armády Slovenskej republiky s nevojenskou verejnosťou sa Vojenská polícia aktívne podieľala na plynulom a nerušenom priebehu vojenských cvičení, taktického výcviku zahraničných armád na našom území, kultúrnych a športových podujatí, i slávnostných pietnych aktov: "MODRÁ LÍNIA" - veliteľsko-štábne cvičenie vo Vojenskom výcvikovom priestore LEŠŤ; "SLOVKA EXPRESS 2001" - výcvik príslušníkov ozbrojených síl Spojeného kráľovstva Veľkej Británie a Severného Írska vo Vojenskom výcvikovom priestore LEŠŤ;
Zabezpečenie 5. národnej púte z Kežmarku do Levoče a pod.